Das Bundespatentgericht ist zuständig für Entscheidungen über Beschwerden gegen Beschlüsse der Prüfungsstellen und Abteilungen des Deutschen Patent- und Markenamts. Es entscheidet außerdem über Klagen auf Erklärung der Nichtigkeit von deutschen Patenten oder von europäischen Patenten mit Geltung in der Bundesrepublik Deutschland, ferner über Klagen auf Erteilung oder Rücknahme der Zwangslizenz oder wegen Anpassung der durch Urteil festgesetzten Vergütung für eine Zwangslizenz. Schließlich ist das Bundespatentgericht zuständig für die Entscheidung über Beschwerden gegen Beschlüsse der Widerspruchsausschüsse des Bundessortenamts. Streitigkeiten wegen Verletzung gewerblicher Schutzrechte fallen hingegen nicht in die Zuständigkeit des Bundespatentgerichts; hierfür sind die Zivilgerichte zuständig.
Wie das Deutsche Patent- und Markenamt und das Bundessortenamt entscheidet das Bundespatentgericht nur darüber, ob ein Schutzrecht (Patent, Marke, Gebrauchsmuster, Topographie, Design, Sortenschutzrecht) gewährt (eingetragen) werden kann oder zu versagen ist. Es kann auch ein gewährtes Schutzrecht löschen oder für nichtig erklären.