Das Bundespatentgericht nahm am 1. Juli 1961 seine Arbeit auf. Es ist ein oberes Bundesgericht im Geschäftsbereich des Bundesministeriums der Justiz.
Bis zu diesem Zeitpunkt überprüften sogenannte Beschwerdesenate die Entscheidungen der Prüfungsstellen und Abteilungen des damaligen Patentamtes. Die Beschwerdesenate waren organisatorisch Teil des Patentamts, ihre Mitglieder waren Beamte. Gegen die Entscheidungen der Beschwerdesenate konnte kein Rechtsmittel zu einem Gericht eingelegt werden.
Mit Urteil vom 13. Juni 1959 entschied das Bundesverwaltungsgericht, dass die Entscheidungen der Beschwerdesenate des Patentamtes als Akte einer Verwaltungsbehörde der gerichtlichen Nachprüfung unterliegen. Artikel 19 Absatz 4 des Grundgesetzes gewährleistet, dass jeder, der seine Rechte durch die öffentliche Gewalt verletzt sieht, eine Überprüfung dieser Entscheidungen durch unabhängige Gerichte verlangen kann. Die Beschwerdesenate des Patentamtes waren keine Gerichte im Sinne von Artikel 19 Absatz 4 des Grundgesetzes.
Nach einer Änderung des Grundgesetztes konnte der Bundesgesetzgeber mit Wirkung zum 1. Juli 1961 ein selbständiges, unabhängiges Bundesgericht für Angelegenheiten des gewerblichen Rechtsschutzes errichten. Es hat – wie das Deutsche Patent- und Markenamt – seinen Sitz in München.